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但如果是一台用于科学研究的显微镜，那对于仪器的功能要求就更高了。较大的放大倍率，更好的分辨率、更实用的观察功能（偏振光能力、光过滤能力等）。
倍率缩放比例：研究型显微镜光学放大倍数较高，达千倍左右，缩放比例达25:1（标配）。
较高分辨率 ：研究型显微镜目镜物镜使用更好的镜片材料，使得镜头成像能力显著提高，成像更加清晰。
偏振光的能力：针对于一些具有双折射特性的材料通过偏振光观察，能够更好的观察的样品的晶体形貌，对于定性分析有较大的帮助。
光过滤器 ：有效的滤出一些无用光对于观察的影响，使得样品的成像更加的逼真，同时也防止镜头耀斑和其他扭曲。
大视场观察： 视场的扩大将大幅度提高研究结果的可信度，降低研究过程中负面因素的影响。
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