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生物显微镜主要是用来观察生物的切片、细胞或者细菌等这类型的结构以及活体组织在培养过程中对其的观察和研究，同时也可以用来观察某些透明或半透明的物体当中的组织，即便是食物行业、饮用水等这些行业也经常会用到它作为检验设备。
生物显微镜主要是通过光线均匀地折射入某些物质当中以传递的方式去分析不一样的物体。当某一种物质通过空气照射到透明介质就会使光线就会改变了方向，从而形成折射角。
在操作设备的时候，先将低倍物镜调整好位置，并放置需要观察的物质标本，通过转动的方式调整反光镜，确定光线等较为合适的情况下把物镜提高再向下调到可以看到标本的位置，以正确焦距去观察即可。如果发现在观察的时候出现其他的物质，则需要将聚光镜稍微下调一下。
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