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荧光显微镜主要用于研究化学物质的分布和化学物质的定位，以及生物细胞内物质的吸收，其实它也是免疫荧光细胞化学的基本工具，属于光学显微镜的一种。
荧光显微镜是由光学系统以及所需要的光源和滤板系统这些主要的部件来构成的，它是免疫荧光细胞化学的基本工具。在与普通显微镜相比，荧光显微镜有，如下几点区别：
1、照明方式，与一般的普通显微镜不同，采用的是落射式，就是需要光源通过物镜来投射在样品。
2、光源的分辨力高于普通的显微镜。
3、使用的是紫外光，所以波长较短。
4、荧光显微镜还有两个比较特殊的滤光片，目镜和物镜之间的用于滤除紫外线，用以保护人眼。
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