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生物显微镜是用来观察生物切片、生物细胞、活体组织培养等物质的观察和研究。同时，连比较难的半透明物体和细小颗粒都是可以通过生物显微镜进行观察。在使用生物显微镜时，我们要先固定好低倍镜的位置，然后再放置标本，之后转动反光镜，挑好光线，提高物镜，再向下调至可以看到标本为止、观察时我们要用细准焦螺旋进行调焦观察。
大部分的显微镜，聚光镜的位置都是要在最高处，这样的话，如果在观察时，外界物体的图像出现在视野中，就可以将聚光镜往下调，这样图像就会消失。聚光镜在使用时，虹彩光圈要调到适合的大小，易于控制光线的射入量，调节明暗差就会比较容易。
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