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(一) 按目镜镜筒的数量可分为单目型、双目型和三目型显微镜。
单目一般价格就较为便宜，生产工艺简单，可以中学生或者初学者培养兴趣使用，双目价格稍微稍贵点，观察的时候可以两眼同时观察，舒适度较高；三目比双目的又增加一目，它的作用主要是连接工业相机配合电脑拍照使用或者连接数码相机直接拍照使用，适合工作时间较长的研究人员。
(二)根据用途以及使用领域分为生物显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、体视显微镜等。
1、生物显微镜是比较常见的一种光学显微镜，在很多实验室中都能够看到，主要用于观察生物切片组织、生物细胞、细菌群落以及活体组织培养的观察和研究，同时可以用来观察其他透明或者半透明物体。生物显微镜可供教育机构、科研机构、卫生部门、养殖业等用于微生物、细胞、细菌、组织培养等一系列的观察，可以观察到细胞、细菌等在培养液中连续繁殖分裂的过程等。
2、体视显微镜又名体式显微镜，是一款可以有立体感正像的目视仪器，广泛的应用于生物研究学、医学检测、农林养殖等。它具有独特完整的光路，所以观察时物体能够呈现立体感。主要用途有：①作为动物学、植物学、昆虫学、组织学、养殖学等领域的研究和解剖工具。②纺织业中对于原料及棉毛织物的初步检验。③在电子加工业，做晶体部件的装配工具。④对各种材料表面腐蚀后气孔形状的检查。⑤对文见货币纸币的真假判断。⑥透镜、棱镜以及其它透明材质物体的表面质量，以及精密刻度的质量检测等。
3、金相显微镜主要是用来鉴定和分析金属内部结构组织，是金属学研究金相内部组织分析的重要仪器，是工业部门鉴定产品质量的必备设备，专门用于观察金属组织和矿物岩相的显微镜。这些不透明物体不能在常规的透射光显微镜中进行观察，所以金相显微镜和普通显微镜的异同点在于前者以反射光，而后者是以透射光作为照明系统的。可以用来鉴别和分析各种金属、合金材料、非金属材料的内部组织结构以及集成电路、微颗粒、线材、纤维、表面喷涂等涂层状态，金相显微镜还广泛地应用在电子加工、化工和仪器仪表生产用来观察不透明的物质和透明的物质。如金属、陶瓷、集成电路、电子芯片、印刷电路板、液晶板、薄膜、粉末、碳粉、线材、纤维、镀涂层，在金相显微镜中照明光束从物镜方向射到被观察物体表面，被物体表面反射后再返回物镜成像。所以用金相显微镜用于金属内部的组织检验分析在工业生产中是十分重要的。
(三)按光学成像元理可分为：偏光、相差和微分干涉显微镜等。
1、偏光显微镜对于具有双折射性的物质都能分辨的很清楚，当然这些物质也可以通过染色法来进行观察，但是有一些物质不可能这样观察，就必须通过偏光显微镜进行观察了。主要用在研究透明与不透明材料的各向异性。一般具有双折射的物质都可以用这种显微镜进行观察。晶体的基本特性就是具有双折射性。因此，偏光显微镜通常用于矿物、化学等领域。在植物病理上，病菌的入侵，常引起组织内化学特性的改变，可以使用偏光显微镜进行鉴别。在动物学方面，常利用偏光显微镜来鉴别骨骷、牙齿、胆固醇、神经纤维、肿瘤细胞、横纹肌和毛发等。2、相衬显微镜又名相差显微镜，它的优点就是可以观察未经染色的标本和活细胞。这些样品在普通的显微镜下是观察不到的，相差显微镜利用物体不同结构成分之间的折射率和厚度的差异，把通过物体不同部分的光呈差变为振幅差，经过带有环状光阑的聚光镜和带有相位片的相差物镜来实现观测，简单的说它利用的是样品密度差别产生的反差来进行观察的，所以样品不染色也可以显微观察，这给活体细胞的观察提供了很大的便利，因此相衬显微镜检法比较广泛的应用在倒置显微镜中。“相衬物镜”具有相板，外壳上标注有”Ph”字样。相衬显微法是一种光学信息处理方法，同时也是最早的信息处理的成果之一，因此在光学的发展史上具有里程碑的意义。
3、微分干涉显微镜检测方法产生于60年代，它不仅能观察直接无色透明的物体，而且图像立体感类似浮雕状，并具有相衬显微镜所不具备的某些优点，观察效果较为逼真。
(四)按照光源的类型可分为普通光源、荧光光源和激光等。
1、普通光显微镜使用的就是普通光源，一般为卤素灯和LED冷光源。
2、荧光显微镜的光源一般是紫外线，通常是照射被检物体表面(落射式)，使它发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形态结构及其所在位置。细胞组织内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等研究都需要使用到荧光显微镜。
3、激光供聚焦扫描显微镜，使用激光做为扫描光源，逐点、逐行、逐面快速扫描成像。因为激光束的波长较短，光束很细，所以共焦激光扫描显微镜有较高的分辨力，大约是普通光学显微镜的3倍。
(五)按照显微镜物镜与载物台的位置关系可以分正置和倒置显微镜
倒置显微镜是为了满足生物学、医学等研究中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察的需要。由于上述样品的特殊性，被检样品必需放置在培养皿(或培养瓶)中，这样就要求倒置显微镜的物镜以及聚光镜的工作距离要足够长，可以对于培养皿中的被检样品直接进行显微观察和研究。因此把物镜、聚光镜和光源的位置全都颠倒设计，所以将它叫做”倒置显微镜”。倒置显微镜一般用于无色透明的活体培养的观察。如果用户使用需求特殊，也可以加配其它附件，实现微分干涉、荧光观察及简易偏光观察的需要。倒置显微镜由于制作要求更高，其价格相比较其他的显微镜也要贵一点。目前倒置显微镜广泛使用在patch-clamp(膜片钳),支原体衣原体病理分析等领域。
(六)数码显微镜
数码显微镜又被称作视频显微镜，它是将显微镜目视看到的实物图像通过数字转换，使图像呈现在计算机上。数码显微镜是将光学显微镜成像技术、先进的光电数字转换技术、电脑完美地结合在一起而诞生一项高科技产品。因此我们对微观领域的研究从传统的普通的双目观察转化到通过屏幕显示观察。数码显微镜在观察物体时能产生正立的三维空间影像。立体感强，成像清晰和宽阔，并且具有较长工作距离，是一款使用范围非常广泛的常规显微镜。它操作方便、直观、检定效率高,适合用于电子加工业生产线的检验、印刷线路板的抽检、印刷电路元器件中出现的焊接缺陷(印刷错位、塌边等)的检定、单板PC的检定、真空荧光显示屏VFD的检定等等,它能够将实物的图像放大后显示在屏幕上，方便将图片保存并打印。
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